Po velikonočních svátcích v roce 2003 začala dlouho očekávaná rekonstrukce Pekárenské ulice. Příznivé letní počasí umožnilo plynulý postup prací, proto již 13. a 14. září téhož roku byly dokončeny práce na vozovce. Od 30. října 2003 je Pekárenská ulice opět v plném provozu. Umístění všech zastávek zůstalo původní, takže budějovický rekord jízdní doby 20 sekund mezi Palackého náměstím a zastávkou Jírovcova nebude vymazán. Převěsy trolejového vedení jsou v prostoru zastávek a křižovatek oboustranné, na zbytku tratě v Pekárenské ulici tyčové jednostranné. Zastávka na Palackého náměstí směrem k Nádražní se přemístila do zálivu a posunula se o ca. 10 metrů dál. Polohu změnila i zastávka u Družby před telekomunikační budovou, tentokrát o 15 metrů proti směru jízdy (blíže k Pražské třídě). Ostatní zastávky zůstaly na svém místě. Zatrolejování křižovatky Pražská × Pekárenská přišlo na řadu jako poslední. Celá ulice dostala moderní vzhled a je také bezpečnější v místech přechodů pro chodce a na křižovatkách. Světelné křižovatky na obou koncích Pekárenské se dočkaly dynamického řízení. Uspořádání stání pro automobily znemožňuje "živelné" parkování a zabezpečuje dostatečný rozhled. Fotografie z prvního dne provozu jsou níže.

Provoz na nové trolejbusové trati v Pekárenské a Nádražní ulici zahájila linka 55. Prvním vozem bylo ev. č. 20 s odjezdem v 0:48 z Palackého náměstí na Vltavu, za několik minut následovalo ev. č. 36 směrem do Rožnova. Cestující, vracející se ze silvestrovských oslav, rádi využili služeb nové linky. Noční spoje byly doprovázeny městskými policisty. Premiérový denní provoz zajišťovaly tyto vozy: